Las siguientes enfermedades han sido descritas como posibles asociadas a la condición celíaca: diabetes mellitus Tipo 1, dermatitis herpetiforme, tiroiditis autoinmune, hipoesplenismo, deficiencia de Ig A, gastritis atrófica, síndrome de Down, epilepsia, ataxia, neuropatía periférica,esquizofrenia,hepatitis autoinmune, cirrosis biliar primaria, alopecia areata, colitis colágena, trombosis venosa. Asimismo las personas celíacas tienen más probabilidades de sufrir linfomas y cáncer de esófago sobre todo si se incumple la dieta libre de gluten.
Algunas personas autistas pueden tener concomitantemente esta enfermedad. Motivo por el cual se suele proscribir el gluten de su dieta.
Cabe destacar que se ha comprobado recientemente que los celíacos tienen 4 veces más probabilidades de desarrollar hipotiroidismo, 3 veces más de padecer hipertiroidismo y 3,6 veces más de presentar tiroiditis.
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